《黄帝内经》分为《素问》和《灵枢》两部分。《素问》重点论述了脏腑、经络、病因、病机、病证、诊法、治疗原则以及针灸等内容。《灵枢》是《素问》不可分割的姊妹篇，内容与之大体相同。除了论述脏腑功能、病因、病机之外，还重点阐述了经络腧穴，针具、刺法及治疗原则等。
《黄帝内经》基本精神及主要内容包括：整体观念、阴阳五行、藏象经络、病因病机、诊法治则、预防养生和运气学说等等。
《灵枢》最早称《针经》。《灵枢》第一篇《九针十二原》就有“先立《针经》”之语，无疑等于自我介绍。后来又称为《九卷》（见张仲景《伤寒论》序），晋皇甫谧复又称之为《针经》。再后又有《九虚》（见《高丽史书》、《宋志》及林亿引文等）、《九灵》（见《隋志》、《唐志》、《宋志》等）、《黄帝针经》（见《七录》、《隋志》、《唐志》及新罗国、高丽国史书等）等名。《灵枢》一名，始见于王冰《素问》序及王冰的《素问》注语中。王冰在注《素问》时，曾两次引用“经脉为里，支而横者为络，络之别者为孙络”这句话，在《三部九候论》中引用时称“《灵枢》曰”，在《调经论》中引用时又称“《针经》曰”，是知《灵枢》即《针经》也。而其他《素问》注中所引《针经》者，皆为《灵枢》之文，则更证明了这一点。