Gereja kami dimulai dengan jemaat berjumlah 200 (dua ratus orang) orang pada tanggal 15 April 1989 dengan nama GBI Bethany yang berafiliasi dengan GBI Bethany Surabaya. Atas dasar keputusan sinode GBI, di tahun 2000 nama gereja kami berubah menjadi GBI Gajahmada. Pada tanggal 1 Oktober 2006, Pdt. Dr. Natanael S. Prajogo ditahbiskan menjadi Gembala Senior menggantikan pendahulunya Pdt. Drg. Lukas Sebadja. Gereja kami berdiri di atas tanah dengan luas ± 3.100m2 dengan berbagai sarana dan prasarana di dalamnya yang mendukung bidang-bidang pelayanan agar dapat menjangkau lebih banyak jiwa bagi Tuhan