Gereja Bethany Church Malaysia (BCM) di Johor Bahru dimulai melalui sebuah VISI BESAR dari seorang hamba Tuhan yang setia dalam panggilannya dan rindu untuk taat dan menyenangkan Tuhan. Gereja ini berafiliasi dengan Gereja Bethel Indonesia yang berada dibawah pembinaan Pdt. Niko Njotorahadjo yang berada di Jakarta. Gereja lahir dalam pembinaan Bethany Church Singapore, yang berada dalam pembinaan Pdt. Djohan Handojo, melalui Pdt. F. Irwan Widjaja sebagai Mission Director of Bethany Church Singapore.