نشأ فضيلة الشيخ المدخلي وترعرع في مسقط رأسه، انضم إلى طلبة حلقة التعليم في قريته عندما بلغ الثامنة من عمره، فتعلم الخط والقراءة، وتتلمذ على يد الشيخ شيبان العريشي، وتلقى أولى مراحله العلمية هناك حيث تخرّج في عام 1961م من المعهد العلمي في مدينته. انضم بعد ذلك إلى كلية الشريعة في العاصمة السعودية الرياض ولم يمكث بها سوى فترة وجيزة لم تتجاوز الشهرين؛ لينتقل بعدها إلى المدينة المنورة ليدرس في الجامعة الإسلامية هناك، وحصل على شهادته بالبكالوريوس بالشريعة هناك بعد أن أتّم الأربع سنوات عام 1964م.