Kabupaten TTU yang terbentuk berdasarkan Undang-Undang nomor 69 tahun 1958 (Lembaran Negara tahun 1958 no.122) mula-mula disebut Onderafdeeling Noord Miden Timor semasa pemerintahan Hindia Belanda. Berdasarkan pada BS/Gubernemen nomor 9–10 tahun 1915 Onderafdeeling Noord Miden Timor meliputi gabungan tiga wilayah kerajaan/swapraja yaitu swaraja Miomaffo, Insana dan Biboki. Pusat penyelenggaraan pemerintahan Onderafdeeling Noord Miden Timor berkedudukan di Noeltoko yakni antara tahun 1915–1921. Pada tahun 1921, Controleur Pedemors (Pemimpin Oderafdeling) memindahkan pusat penyelenggaraan pemerintahan dari Noeltoko ke Kefamenanu.

Sesuai ketentuan Pemerintahan Hindia Belanda tentang aturan pemerintahan kerajaan yang diberlakukan bagi semua swapraja yang ada di Timor, setiap onderafdeling dipimpin oleh controleur berkebangsaan Belanda dibantu seorang petugas pangreh praja orang Indonesia. Struktur kekuasaan yang dibentuk pemerintahan Hindia Belanda tersebut dipadukan dengan sisa-sisa struktur pemerintahan asli sehingga mulai dari struktur kekuasaan yang paling tinggi sampai terendah berturut-turut sebagai berikut; Controleur kemudian kepala Swapraja, membawahi fetor, kemudian temungkung, membawahi wakil temungkung dan wakil temungkung membawahi rakyat. Berdasarkan struktur pemerintahan kekuasaan pemerintahan Hindia Belanda tersebut maka Onderafdeeling Noord Miden Timor membawa 3 kepala swapraja, 18 kefetoran dan 176 temungkung, yakni;

Swapraja Miomaffo (Kepala Swapraja : G. A. Kono) memiliki 8 kefetoran masing-masing kefetoran Tunbaba, Manamas, Bikomi, noemuti, Nilulat, Noeltoko, Naktimun dan Aplal.
Swapraja Insana (Kepala Swapraja : L. A. N. Taolin) memiliki 5 kefetoran masing-masing kefetoran Oelolok, Ainan, Maubesi, Subun dan Fafinesu.
Swapraja Biboki (Kepala Swapraja L. T. Manlea) memiliki 5 kefetoran masing-masing kefetoran Ustetu, Oetasi, Bukifan, Taitoh dan Harneno.