FyllingenBergen er et resultat av en fisjon i Fyllingen Håndball våren 2010 hvor klubben ble delt juridisk og økonomisk i Fyllingen Håndball (kvinner/aldersbestemt) og FyllingenBergen (menn senior). Herrelaget har vært på nivå 1 siden 1997 som et av lagene med lengst sammenhengende fartstid på dette nivået.

De siste årene har FyllingenBergen blitt en rendyrket eliteklubb, mens Fyllingen Håndball har hatt ansvaret for menn rekrutt.

Klubben har tatt alle de viktigste titlene; seriemester 2008/09, sluttspillmester 2009/10, cupmester 2012 og cupmester 2013.