Antiga povoação de Pau-ferro, depois Morros, Planaltino foi desmembrado do município de Maracás pela Lei estadual nº 1775 de 30 de julho de 1962, sendo instalado a 7 de abril de 1963. Sabendo-se que os primeiros habitantes foram remanescentes do desbravador João Amaro, que se juntaram aos primeiros colonizadores de Maracás e a tropeiros que demandavam das minas do Rio de Contas à histórica cidade de Cachoeira.

Seu topônimo, Planaltino, deveu-se ao fato da existência de patamares e restos de esplanadas, Planalto Sul Baiano.

Seu primeiro prefeito eleito foi o senhor Edésio Ramos Costa.

O artigo 2º da Lei nº 1775 de 30 de julho de 1962, constituiu o município de Planaltino de três distritos: Planaltino, Nova Itaípe e Ibitiguira (formação atual). Em 14 de maio de 1982, a Lei nº 4030 dá nova redação ao artigo 2º da Lei 1775 de 30 de julho de 1962.